Pemerintahan di Kabupaten Kepulauan Sangihe telah mengalami beberapa kali pergantian kepala wilayah daerah sejak tahun 1945 sampai saat ini. Pada Periode tahun 1945 sampai dengan tahun 1948 status kepemimpinan kepala wilayah masih memakai nama Komandan Pasukan Goreka GEZAGHEBBER (1945) dan Controleu (tahun 1946 sampai dengan tahun 1948); dan memasuki tahun 1949 sudah memakai istilah Kepada Daerah dan Bupati.

Pada Tahun 2002 Kabupaten Kepulauan Sangihe dimekarkan (pada saat itu masih Kabupaten Kepulauan Sangihe dan Talaud) menjadi 2 Kabupaten berdasarkan Undang-Undang Nomor 5 Tahun 2002, yaitu Kabupaten Kepulauan Sangihe dan Kabupaten Kepulauan Talaud, dan pada tahun 2007 secara administratif, Kabupaten Kepulauan Sangihe terdiri dari 15 Kecamatan, 24 Kelurahan dan 125 Desa.